metaDMG-cpp lca     --names /mounts/lovelace2/metadmg-data/names.dmp     --nodes /mounts/lovelace2/metadmg-data/nodes.dmp     --acc2tax /mounts/lovelace2/metadmg-data/nucl_gb.accession2taxid     --sim_score_low 0.85     --sim_score_high 1.0     --how_many 100     --fix_ncbi 0     --lca_rank family    --threads 10     --bam 1-filtered-SOI-all-alignments.bam     --out_prefix metaDMG/1
metaDMG-cpp dfit     metaDMG/1.bdamage.gz     --threads 10     --names /mounts/lovelace2/metadmg-data/names.dmp     --nodes /mounts/lovelace2/metadmg-data/nodes.dmp     --showfits 2     --nopt 10     --nbootstrap 20     --doboot 1     --seed 1234     --lib ds     --out_prefix metaDMG/1
metaDMG-cpp aggregate     metaDMG/1.bdamage.gz     --names /mounts/lovelace2/metadmg-data/names.dmp     --nodes /mounts/lovelace2/metadmg-data/nodes.dmp     --lcastat metaDMG/1.stat.gz     --dfit metaDMG/1.dfit.gz     --out_prefix metaDMG/1.agg