a
    VA(f                  .   @   s  U d dl Z d dlmZmZmZmZmZ zd dlmZ dZW n e	yP   dZY n0 d dl
mZ ddd	d
dddddddddddddddddddddd d!d!d"d#d$d%d&d'd(d)d*d+d,d-d.d/d0d0d1d2-Zeeeeeeeee f geeee f f f  ed3d4d5Zes>e D ]$\ZZe\ZZed6eee e< qeeZneed7 d  ed7 d8 Zee ed7< eed9 d  ed9 d8 Zee ed9< eed: d  ed: d8 Zee ed:< eed; d  ed; d8 Zee ed;< eed< d  ed< d8 Zee ed<< eed= d  ed= d8 Zee ed=< eed> d  ed> d8 Zee ed>< eed? d  ed? d8 Zee ed?< eed@ d  ed@ d8 Z ee ed@< eedA d  edA d8 Z!ee edA< eedB d  edB d8 Z"ee edB< eedC d  edC d8 Z#ee edC< eedD d  edD d8 Z$ee edD< eedE d  edE d8 Z%ee edE< eedF d  edF d8 Z&ee edF< eedG d  edG d8 Z'ee edG< eedH d  edH d8 Z(ee edH< eedI d  edI d8 Z)ee edI< eedJ d  edJ d8 Z*ee edJ< eedK d  edK d8 Z+ee edK< eedL d  edL d8 Z,ee edL< eedM d  edM d8 Z-ee edM< eedN d  edN d8 Z.ee edN< eedO d  edO d8 Z/ee edO< eedP d  edP d8 Z0ee edP< eedQ d  edQ d8 Z1ee edQ< eedR d  edR d8 Z2ee edR< eedS d  edS d8 Z3ee edS< eedT d  edT d8 Z4ee edT< eedU d  edU d8 Z5ee edU< eedV d  edV d8 Z6ee edV< eedW d  edW d8 Z7ee edW< eedX d  edX d8 Z8ee edX< eedY d  edY d8 Z9ee edY< eedZ d  edZ d8 Z:ee edZ< eed[ d  ed[ d8 Z;ee ed[< eed\ d  ed\ d8 Z<ee ed\< eed] d  ed] d8 Z=ee ed]< eed^ d  ed^ d8 Z>ee ed^< eed_ d  ed_ d8 Z?ee ed_< eed` d  ed` d8 Z@ee ed`< eeda d  eda d8 ZAee eda< eedb d  edb d8 ZBee edb< eedc d  edc d8 ZCee edc< eedd d  edd d8 ZDee edd< dS )e    N)CallableListTupleIterableUnion)FinalTFPysamDispatcher)view )headr   )sortr   )mpileupr   )	consensusr   )depthr   )faidxr   )fqidxr   )tviewr   )indexr   )idxstatsr   )fixmater   )flagstatr   )calmdr   )merger   )markdupr   )rmdupr   )	referencer   )reheaderr   )resetr   )catr   )	targetcutr   )phaser   )bam2fqr   )dictr   )addreplacergr   )	pad2unpadr   )bedcovr   )coverager   )bamshufr   )collater   )statsr   )fastar   )fastqr   )z	cram-sizer   )
quickcheckr   )splitr   )flagsr   )ampliconclipr   )ampliconstatsr   )versionr   )importr   )samplesr   )-r
   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r    r!   r"   r#   r$   r%   depadr&   r'   r(   r)   r*   r+   r,   	cram_sizer-   r.   r/   r0   r1   r2   fqimportimport_r4   )dispatchparsersreturnc                 C   s   t d| |S )Nsamtoolsr   )r9   r:   r   r   -lib/python3.9/site-packages/pysam/samtools.py_wrap_commandE   s    r>   r<   r
      r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r    r!   r"   r#   r$   r%   r5   r&   r'   r(   r)   r*   r+   r,   r6   r-   r.   r/   r0   r1   r2   r7   r8   r4   )Eplatformtypingr   r   r   r   r   r   Z
HAVE_FINALImportErrorZpysam.utilsr	   Z_SAMTOOLS_DISPATCHstrr>   itemskeyZoptionscmdparserglobalslist__all__r
   __annotations__r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r    r!   r"   r#   r$   r%   r5   r&   r'   r(   r)   r*   r+   r,   r6   r-   r.   r/   r0   r1   r2   r7   r8   r4   r   r   r   r=   <module>   s  

30&&&&

&&&&&&&&&&&&

&&&

&&&



&&&&&&&&&

&&



&&&